Wersja 3 stanowiskowa, na serwerze i jednej końcówce jest ok, a na jednym stanowisku sprawdzając ten sam NIP mam komunikat "Nie znaleziono numeru NIP w bazie GUS" i dla żadnego numeru NIP nie pobiera mi danych.

Myślę, że ten komunikat pojawia się kiedy naprawdę nie znaleziono NIP w bazie i wtedy kiedy Symfonia nie może połączyć się z serwerem GUS.
Sprawdź firewall.

Udało się, Kaspersky 2015 robił problem, nawet po wyłączeniu ochrony i wyłączeniu zapory nie działało (systemowej - bo to był antywirus bez zapory), po odinstalowaniu zadziałało, po wgraniu nowej wersji 2016 też wszystko działa, w każdym razie dzięki za podpowiedź bo to mi pomogło w rozwiązaniu problemu.

A Sage powinno poprawić obsługę tego wyjątku.