Chcialam rozliczyc z pracownikiem umowe cywilnoprawna, zleceniobiorca podlegal z tytulu zlecenia wszystkim składkom społecznym, przy wpisywaniu umowy zlecenia uzupelnilam dane do objecia stosownymi ubezpieczeniami, natomiast przy rozliczeniu umowy program nie nalicza skladek spolecznych. Czy ktos moze podpowiedzec w czym lezy przyczyna?

A w momencie rozliczania istniał okres do rozliczania umów cywilnoprawnych?

tak okres istniał.
Wybieram naliczanie ubezpieczeni spol+chorob+wypad. +zdrowotnych a program nie nalicza składek.

Dziwnie to wygląda. Teoretycznie jeśli wcześniej poprawnie zgłosiłaś osobę do ZUS (np. wypełniając zgłoszenie wstawiając umowę zlecenia, lub osobnym zdarzeniem zgłoszenie ZUA), miałaś okres płacowy, wstawiając rachunek system sam dobrał odpowiedni typ składek, kod ubezpieczenia oraz okres płacowy w rozliczeniu, to składki powinny się policzyć. W praktyce bez zobaczenia tego na bazie nie ma jak zobaczyć co jest nie tak - w sensie jak bym nie próbował to zawsze wyjdzie magiczne "u mnie działa" ;)

Proponuję abyś zgłosiła problem do producenta - w programie w opcjach "pomoc" jest "zgłoszenie problemu". Może oni coś na to poradzą?