Co muszę ustawić/jak zdefiniować składnik wynagrodzenia, aby dodatek funkcyjny nie był wypłacany, jeśli pracownik cały miesiąc jest nieobecny? Mam pracownice, która jest na zwolnieniu z powodu ciąży, później będzie na macierzyńskim, więc ten dodatek z automatu nie powinien się naliczyć. Takie klasyfikacje mam na nim ustawione

Można spróbować to zrobić poprzez zmianę formuły.
Jeśli jest tak jak w predefiniowanym tj. Procent z sumy/Wynagrodzenie zasadnicze
trzeba dodać jako kolejny argument składnik potrącenie wynagrodzenia za chorobę lub zasiłek
W tym przypadku będzie potrącać proporcjonalnie do czasu nieobecności

Ostatecznie można odłączać ją od wzorca na czas długiej choroby

3 klasy niżej :)

Wtedy potrącenie za chorobę będzie większe (ponieważ będzie uwzględniało dodatek). Sam dodatek będzie widoczny ale potrącenie będzie go uwzględniać więc wyjdzie na to samo.

Można też zrobić element, potrącenie dodatku za czas choroby/zasiłku który wyliczy wg proporcji liczba dni choroby/liczba dni kalendarzowych w danym okresie

Rzeczywiście. Nie wgryzałem się w klasy. Zasugerowałem się problemem. Dodatek z jednej strony się nalicza zawsze. Z drugiej ginie we wspólnym worku potrąceń za okresy chorób. Co daje efekt końcowy łączny - nie jest wypłacany za okres choroby, chociaż cały czas go widać.

Aby wartość dodatku za okresy chorób malała trzeba zrobić, tak jak piszesz. 3 składniki:
1) dodatek funkcyjny
2) dodatek funkcyjny za wyn chorobowe
3) dodatek funkcyjny za zasiłek